Magdalene College in Cambridge met rechtsboven Pepys'
Library. Beweeg de cursor over de foto. (Tomalin, 2002)
Van 1651 tot 1654 studeerde hij aan Magdalene College in Cambridge waar hij werd toegelaten dankzij voorspraak van familieleden. De opleiding was vooral gericht op klassieke talen en Aristoteliaanse wetenschap. Hij hield zijn hele leven lang een liefde voor Latijn en ook voor andere talen. Hij behaalde zijn bachelorsgraad in 1654 en bleef ook later contact houden met het college.
Hij was daar ook vaak in de buurt vooral in verband met de erfenis van Uncle Robert in Brampton. Zijn bibliotheek - hij was een uitgesproken bibliofiel - schonk hij later aan Magdalene College en daar is die nog steeds in een prachtig gebouw uit 1724. Deze Pepys Library (beweeg de cursor over de foto) is toegankelijk maar je mag geen foto's maken en je mag niets aanraken. Vooral na zijn dagboektijd heeft hij veel boeken verzameld, ze van omslagen laten voorzien en in boekenkasten gezet. Met een fantastische index erbij. Hij was een eersteklas systematicus. Dat was zijn kracht.