Charles II/Karel II. Van Wikipedia
James II/Jacobus II, door Kneller
In juni 1684 kwam Pepys weer in de gunst en werd hij benoemd tot secretaris van de Koning in vlootzaken. Dat bleef hij ook na de dood van Charles II (februari 1685).
De katholieke James II (Duke of York) volgde zijn broer op. Hoewel men hem eerst gunstig gezind was, veranderde dat al spoedig door maatregelen die hij nam om katholieken verantwoordelijke functies te geven. Toen hij een zoon kreeg (die hem zou opvolgen) werd Willem van Oranje in Holland uitgenodigd tot een invasie. Na de succesvolle invasie door Willem III, eind 1688, vluchtte James II naar Frankrijk.